循环冷却水的水质和运行温度超过一定指标是造成真空泵结垢的主要原因。水质指标中，尤以水的硬度影响最大。为此，必须尽可能降低水的硬度，控制循环冷却水的工作温度，才能解决真空泵结垢的问题。
1、循环冷却水的硬度
循环冷却水在真空泵中的运行过程，与低压热水锅炉中锅水运行过程极其相似。因此，按照热水锅炉水质标准来管理真空泵水质，既可防止真空泵结垢又可防止真空泵腐蚀。
真空泵循环冷却水系统大都是敞开式循环系统，回水率比较高。在因资金等原因不采用离子交换设备进行水处理的情况下，一般利用一个软化水池加一个高位水池对真空泵进行供水。
2、循环冷却水的温度控制
从上述分析可以看出，真空泵内水环温度与软化水池水温之差是导致结垢的重要因素。因此，增大循环供水量提高冷却效果是最大限度减小结垢速度的重要保证。
因此在循环冷却水运行过程中，还有必要对各台泵的回水温度和回水量进行监测，以保证各台泵的正常供水量以及回水温度不超过40℃的规定。供水量可以用阀门来控制，如果回水温度超过规定，要采取补充低温冷水或用其他散热降温的办法来降低软化水池内软化水的温度。
3、定期冲洗泵体
水环式真空泵的泵体排水闸阀，除了用于正常排出泵内积水外，还可在运行过程中利用泵体运转的水压定期冲洗泵内污垢和水渣，一方面可以防止污垢积存，另一方而还可以防止水渣转化为水垢。
真空泵的结垢问题有其较为复杂的生成机理，正确分析水质指标和运行参数是找出正确防范措施的关键。除了水温控制和定期冲洗泵体外，水处理是防止泵体结垢的最重要环节。